Der Inselstaat besteht aus der Hauptinsel Malta und den beiden kleineren Eilanden Gozo und Comino. Die Entfernung zum afrikanischen Kontinent mit Tunesien und Libyen beträgt rund 320 km, während das nördlich gelegene Sizilien bereits nach 90 km zu erreichen ist. Überwiegend aus verkarsteten Kalktafeln bestehend, ist die Inselgruppe Malta ein Relikt einer einst bestehenden Landbrücke zwischen dem afrikanischen Kontinent und Sizilien. Während der Norden und Nordosten von fruchtbaren Becken eingenommen wird, steigt Malta im Südwesten auf eine Höhe von 253 m an und fällt zudem steil zum Meer hin ab. Es herrscht das typische Mittelmeerklima mit überaus trockenen und heißen Sommern, sowie niederschlagsreichen Wintern vor, was besonders in den Monaten Oktober bis März zu häufigen Regenfällen führt.
Überweidung und Bodenerosion haben die natürliche Vegetation der Inselwelt stark beeinträchtigt, sodass der heutige Pflanzenbewuchs im Vergleich zu europäischen Verhältnissen als spärlich zu bezeichnen ist. Es überwiegenden Strauchheiden, Lavendel, Thymian, Kakteen, Olivenbäume, Johannisbrotbäume und Kiefern, wobei viele Arten die Inseln erst durch den Menschen erreicht haben.
Zusammenhängende Wälder sind nicht mehr vorhanden. Die Tierwelt hebt sich hinsichtlich ihrer Vielfalt nicht wesentlich von der Flora des Landes ab: neben typischen kleinen Arten wie Igel, Wiesel und Nagetieren sind einige Schlangen- und Echsenarten beheimatet, darüber hinaus Insekten und Schmetterlinge. Die Wasserwelt hingegen offenbart mit zahlreichen Fischarten wie Barsch, Meerpfau und Brasse eine größere Vielfalt. Als Durchzugsgebiet für Zugvögel strategisch günstig gelegen, sind auf Malta viele unterschiedliche Arten zu beobachten, unter anderem auch die heimischen Lerchen und Drosseln. Allerdings gilt die Vogeljagd als beliebter Sport, weshalb der Bestand einiger Arten als gefährdet gilt.